Xperia neoのICS（4.1.B.0.431）でrootを取りました。

参考：
http://forum.xda-developers.com/showpost.php?p=26798415&postcount=141

Flashtoolで4.1.A.0.562のkernelとloaderを焼いたあと、
Rooting Toolkit for Xperia 2011 ICSでroot取って、Flashtoolで4.1.B.0.431のkernelとloaderを焼いて戻す。

Flashtool起動したままRooting Toolkit動かすと途中で止まるので、そのあたり注意しとけばあとはすんなり行くと思います。

このあとCyanogenMod7とか9とか入れようとして結局放置してます。